Penelitian bertujuan untuk mengetahui jarak genetik, pohon fenogram dan variabel pembeda pada entok jantan dan betina dengan menggunakan analisis diskriminan dan kanonikal. Sampel yang digunakan dalam penelitian berasal dari tiga kabupaten yaitu Kabupaten Pekalongan, Demak, dan Magelang, Provinsi Jawa Tengah. Jumlah sampel entok yang digunakan sebanyak 35 ekor entok jantan dan 35 ekor betina pada tiap kabupaten. Pengamatan terhadap karakter bobot badan, panjang badan, panjang paruh, panjang leher, lingkar badan, panjang sayap, panjang femur, dan panjang jari kaki ketiga. Data yang diperoleh dianalisis menggunakan analisis diskriminan dengan bantuan program SAS. Hasil peta penyebaran menunjukkan adanya perbedaaan entok jantan dan betina. Analisis diskriminan menunjukkan bahwa variabel pembeda entok jantan terdapat pada lingkar badan (0,85) dan panjang leher (0,66), sedangkan entok betina terdapat pada panjang femur (0,68) dan panjang paruh (0,82). Tingkat kesamaan tertinggi antara entok jantan dan betina ditunjukkan pada entok Kabupaten Pekalongan (97,14) dan Magelang (82,86%). Jarak genetik pada entok jantan dan betina menunjukkan adanya hubungan kekerabatan antara entok di Kabupaten Magelang dan Pekalongan, serta memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan entok Demak.